添付文書には副作用について、以下のように記載されています。（引用元：ネルフィナビル添付文書（第19版））
◆重大な副作用
1．糖尿病、血糖値の上昇（1.6％）：
本剤の投与により，糖尿病，糖尿病の悪化及び血糖値の上昇が報告されており，その中には重篤な症例やケトアシドーシスを伴う症例も報告されているので，このような症状があらわれた場合には，投与を中止するなど適切な処置を行うこと。
2．出血傾向（1.3％）：
血友病患者において，本剤の投与による加療中に，脳内出血，縦隔内出血の発現が報告されており，また，関節内出血，皮下出血等の出血事象の増加が報告されているので，このような症状があらわれた場合には適切な処置を行うこと。また必要に応じて，血液凝固因子の投与などの処置を行うこと。
◆その他副作用
《2%以上》： 後天性リポジストロフィー、下痢、嘔気、腹部膨満感、腹痛、嘔吐、高脂血症、高トリグリセリド血症、高尿酸血症、発疹
《2％未満》：以下の種類における複数の副作用が記載されていました。
全身、循環器、消化器、血液・リンパ系、代謝・栄養系、肝臓、筋骨格系、精神神経系、呼吸器、皮膚、感覚器、泌尿器、生殖器
《頻度不明》：QT延長、Torsade de pointes、多形紅斑
◆相互作用
主として肝代謝酵素CYP3A4及び一部CYP2C19で代謝され，また、CYP3A4の阻害作用を持つ。
※上記の点から、CYP3A4阻害作用などを持つ薬剤が併用禁忌として挙げられていました。
